Ada beberapa misteri yang hingga kini masih menyelimuti Gunung Anak Krakatau.
1. Bertambah tinggi Anak Krakatau diketahui muncul ke permukaan sekitar tahun 1929. Selama hampir 1 abad ini, estimasi pertumbuhan mencapai 4 hingga 6 meter per tahun.
2. Hewan misterius Cerita dari mulut ke mulut menyebutkan pengunjung Anak Krakatau beberapa kali melihat hewan aneh atau tidak lazim di tempat ini.
Ada yang mengatakan pernah melihat kadal, kupu-kupu dan burung dengan ukuran yang sangat besar dibanding kadal dan burung pada umumnya.
3. Suara-suara aneh Penjaga Cagar Alam Gunung Anak Krakatau ada yang mengisahkan pernah mendengar suara-suara yang tidak seharusnya ada di sana. Suara keramaian, orang menangis, teriak-teriak, dan suara lain yang tidak mungkin ada di Anak Krakatau.
Yang lebih mengherankan dikisahkan pula penjaga cagar alam gunung Anak Krakatau ini beberapa kali mendengar suara gamelan layaknya ada pagelaran wayang.
Selain hal misterius tersebut, ada kekhawatiran Anak Krakatau ini yang semakin bertambah besar dan tinggi dapat mengulang sejarah seperti Gunung Krakatau yang meletus tahun 1883.
Hal ini menjadi Anak Krakatu bisa saja menjadi Krakatu 1883 Jilid II jika ukurannya terus semakin besar dan semakin tinggi.***
